Το LabDAO σχεδιάζει το μέλλον της τεχνητής νοημοσύνης ανοιχτού κώδικα για την ανακάλυψη φαρμάκων

Το έργο Folding@home έγινε πρωτοσέλιδο σε όλη την πανδημία COVID-19 για τη συγκέντρωση αχρησιμοποίητης υπολογιστικής ισχύος για την εξερεύνηση του χώρου αναζήτησης με αναδίπλωση πρωτεΐνης για την αντιμετώπιση του νέου κοροναϊού. Ενδυναμώνοντας τους πολίτες να γίνουν επιστήμονες από μόνοι τους, η πρωτοβουλία πραγματοποίησε προσομοιώσεις μεγάλης κλίμακας διαφορετικών μοριακών διαμορφώσεων πρωτεϊνών σε ένα κατανεμημένο δίκτυο «εγγεγραμμένων» υπολογιστών σε όλο τον κόσμο.

Αυτό το αποκεντρωμένο παράδειγμα προαναγγέλθηκε για τη συγκέντρωση των ανθρώπων γύρω από ένα κοινό πρόβλημα και την αποτελεσματική υπολογιστική ισχύ από κοινού, αλλά τι θα γινόταν αν η υπολογιστική ισχύς και η υποδομή επίλυσης προβλημάτων αντιστράφηκαν; Με άλλα λόγια, τι θα γινόταν αν τα άτομα μπορούσαν να εκτελέσουν τα δικά τους έργα αξιοποιώντας τη συσσωρευμένη υπολογιστική ισχύ και τα εργαλεία για βιολογικούς πειραματισμούς για εκκίνηση;

Η LabDAO κάνει αυτό το όνειρο πραγματικότητα με την πλατφόρμα PLEX. Το PLEX είναι ένα εργαλείο γραμμής εντολών ανοιχτού κώδικα που έχει σχεδιαστεί για να κάνει όχι μόνο υπολογιστικούς πόρους, αλλά και μια ποικιλία εργαλείων βιολογικής μηχανικής εκμάθησης (που επινοήθηκε η σουίτα «BioML» στο LabDAO) προσβάσιμα σε διάφορα υπόβαθρα. Είτε πειραματίζεται με προσομοίωση μικρών μορίων είτε με δικές του προσομοιώσεις αναδίπλωσης πρωτεϊνών, το PLEX επιτρέπει στους χρήστες να χρησιμοποιήσουν τη βιβλιοθήκη εργαλείων του LabDAO, να μοιραστούν αποτελέσματα και να τα οπτικοποιήσουν σε λιγότερο από πέντε λεπτά.

Αυτή η σουίτα εργαλείων και η πλατφόρμα που επιτρέπει τη χρήση πάνω της παρουσιάστηκε στη σύνοδο κορυφής Blockchain Meets Biology του Zuzalu στις αρχές Απριλίου, όπου το μέλος της βασικής ομάδας LabDAO Lily Hansen-Gillis έδειξε από την αρχή μέχρι το τέλος μια προσομοίωση εσωτερικής μοριακής δυναμικής ενός πρωτεΐνης για να βρει την πιο σταθερή της διαμόρφωση. Στη συνέχεια, ως αυτοαποκαλούμενη «μη κωδικοποιήτρια», πέρασε το κοινό από την αρχή μέχρι το τέλος — όλα με έναν υπολογιστή, WiFi, PLEX στη γραμμή εντολών και τίποτα περισσότερο.

Ευρύτερα, το LabDAO είναι μια αποκεντρωμένη πλατφόρμα με δυνατότητα web3 (μέρος του ευρύτερου κινήματος "DeSci") που δεσμεύεται να δημιουργήσει ένα πιο παραγωγικό περιβάλλον για την ανακάλυψη φαρμάκων ανοιχτού κώδικα. Διαθέτοντας εργαλεία και πόρους στην αιχμή σε ένα ευρύτερο οικοσύστημα, το LabDAO στοχεύει να δημιουργήσει το κατάλληλο περιβάλλον για διαφανείς και προσβάσιμες επιστημονικές εξελίξεις. Είτε εξαλείφοντας την ανάγκη για τους ερευνητές να έχουν δικό τους υλικό ή υπολογιστική υποδομή είτε δημοσιεύοντας αποτελέσματα πειραμάτων σε ένα καθολικό blockchain έτσι ώστε να είναι προσβάσιμα και αναπαραγώγιμα, ο οργανισμός δεσμεύεται να καταστήσει δυνατή περισσότερη καινοτομία μέσω της συνεργασίας — καταρρίπτοντας τα εμπόδια που προκαλούνται από κακή χρηστικότητα και σιλό, εξειδικευμένη τεχνογνωσία.

Οι προσπάθειες του LabDAO να χτίσει αυτόν τον κόσμο του μέλλοντος DeSci για το σήμερα έλαβαν πρόσφατα ώθηση με τη μορφή ενός γύρου χρηματοδότησης 3.6 εκατομμυρίων δολαρίων από διάφορα άλλα DAO, Inflection.xyz, Balaji Srinivasan και άλλα. Αυτή η εισροή υποστήριξης θα συμβάλει στις συνεχείς προσπάθειες για τη δημιουργία εργαλείων λογισμικού ανοιχτού κώδικα και την ενίσχυση του ερευνητικού οικοσυστήματος του LabDAO.

Όσον αφορά το ίδιο το PLEX, τα άμεσα επόμενα βήματα στον ορίζοντα περιλαμβάνουν τη δοκιμή της πλατφόρμας σε διαφορετικές επιστημονικές συνεργασίες, τη συγκέντρωση διαφόρων εργαλείων και τη συσσώρευση του απαραίτητου υλικού για την ενίσχυση του δικτύου BioML.

Όσο για μακροπρόθεσμα, ίσως το επόμενο σωτήριο φάρμακο κατά την επόμενη μεγάλη επιδημία μολυσματικών ασθενειών θα σχεδιαστεί με τη δύναμη του PLEX, ένα αποκεντρωμένο βήμα προς τα εμπρός κάθε φορά. Καθώς το οικοσύστημα συνεχίζει να αναπτύσσεται, μόνο ο χρόνος θα δείξει.

Σας ευχαριστώ Aishani Aatresh για πρόσθετη έρευνα και αναφορά σε αυτό το άρθρο. Είμαι ο ιδρυτής της SynBioBeta και μερικές από τις εταιρείες για τις οποίες γράφω είναι χορηγοί της Συνέδριο SynBioBeta. Για περισσότερο περιεχόμενο, μπορείτε να εγγραφείτε το εβδομαδιαίο μου ενημερωτικό δελτίο.